S8E07 | 还不能预测万物，聊聊AlphaFold3的创新和局限

北京时间 5 月 8 日，谷歌 DeepMind 和谷歌旗下子公司 Isomorphic Labs 联合发布了其生物学预测模型 AlphaFold 的最新版本——AlphaFold 3。这是在 AlphaFold 2 发布三年后，谷歌在 AI 生物学领域的又一次突破。和前代相比，AlphaFold 3 的预测效率有了显著提升，而且在蛋白质本身以外，它还能够预测「几乎所有分子类型」的蛋白质复合物结构，有望大幅提升新药研发的效率。 那么具体来看，AlphaFold 3 有什么样的区别和改进？由技术关照现实，这项技术在工业界，尤其是药物设计领域将会带来怎样的应用前景？又会带来哪些变革？本期节目邀请到来自业内和学界的嘉宾，硅谷投资人张璐和清华大学生命学院博士后徐魁，分别从商业与技术的视角深度探讨 AlphaFold 3，聊聊我们应当如何看待 AI 在生命科学领域的应用，以及这项技术目前的优缺点和未来趋势。 「声动活泼」公众号上也同步整理了本期节目的要点，如果你喜爱本期节目或对节目内容感到好奇，欢迎在微信搜索「声动活泼」查看最新文章。 感谢图拉斯对本期节目的支持~ 图拉斯是创立于 2012 年的创新、高品质的 3C 数码品牌，凭借完善的自主研发体系，严苛的品质把控和独特的设计理念，成为行业领导者，多款产品荣获国际设计大奖。如今已经发展成为横跨四大洲、服务 148 个国家和地区的全球化品牌，拥有超过 6000 万用户。 图拉斯 yoga 伸缩线充电器，点击链接下单： https://sourl.cn/J6Rtkp （京东） 、https://sourl.cn/aWh4t4 （天猫） 双口快充——双口共 40WPD 多设备同时快充 集成无级调节伸缩线—— 0.68m 随停随收 内嵌式折叠脚——安心收纳不刮包 专利转轴——高精度压铸锌合金转轴，持久耐用 本期人物 丁教 Diane，「声动活泼」联合创始人、「科技早知道」主播 张璐，硅谷 Fusion Fund 创始合伙人，达沃斯全球青年领袖，斯坦福客座讲师 徐魁，清华大学生命学院博士后，研究方向为计算生物学、人工智能生物学 雅娴，「科技早知道」监制 主要话题 [03:00] 相比 AlphaFold 2，AlphaFold 3 有何区别与改进？ [05:25] Isomorphic lab：专注商业化的帮手 [09:30] 竞争对手在做什么？同领域中美竞争格局 [14:29] AlphaFold 3 无法大幅缩短药物研发周期 [17:53] AlphaFold 3 模型优化：流水线整合为一体化 [22:24] 医药领域 AI 应用：短期被高估，长期被低估 [29:58] 技术的商业潜力：改变世界也创造财富 [32:28] 从药厂 AI 应用说起，开源是行业发展必然吗？ [39:39] 冲突、幻觉、手性错误？AlphaFold 3 仍有局限性 [42:08] 指数级增长的未来与跨学科合作趋势 所涉部分术语 David Baker：美国华盛顿大学医学院蛋白质设计研究所主任。他的实验室专注于蛋白质结构预测与蛋白质设计的工具开发。节目中提到的多个与 AlphaFold2/3 竞争的生物分子预测软件均由 David Baker 实验室主导开发，如 RoseTTAFold、RoseTTAFold All-atom 和 RoseTTAFold2NA。 Autodock Vina ：它是一个开源的分子对接（docking) 引擎，被广泛用于预测小分子（配体）与蛋白质（受体）之间的结合模式。由美国 The Scripps Research Institute 的 Molecular Graphics Lab 开发。 MSA：多序列比对（Multisequence Alignment，简称 MSA）是一种生物信息学技术，用于将三个或以上的氨基酸序列进行比对，以找出它们之间的相似性和差异性。在结构预测中，MSA 能够辅助寻找相似序列蛋白并且比对他们的结构特征，提高预测精度。 Clash：蛋白质模型中，Clash 通常指的是蛋白质内部或蛋白质之间的原子间距离过近，超出了范德华半径所允许的范围，导致的空间冲突或重叠现象。结构预测软件需要尽量减少 Clash 的发生。 AIDD：即人工智能辅助药物发现 （Artificial Intelligence for Drug Discovery）。 ESG：在生物制造领域，ESG 代表环境（Environmental）、社会（Social）和公司治理（Governance）三个方面，是衡量企业在可持续发展方面表现的重要指标, 代表了企业在环境责任、社会责任和公司治理方面的表现。 相关阅读 Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3 #54 AI 进军生物界，AlphaFold 的突破 “将改变一切” S6E37｜如果 AI 就能解锁蛋白质，世界还需要结构生物学家吗？ 幕后制作 监制：丁教、雅娴、Xinlu 后期：Jack、迪卡 商业内容策划：Nene 运营：George 设计：饭团 商务合作 声动活泼商务合作咨询 支持我们，加入新一年的播客创新 2021 年我们发起了「声动胡同会员计划」，这是一个纯支持项目，支持「声动活泼」在播客内容上不断探索和创新。回顾 2023 年，得益于这些支持，「声动活泼」的每档节目都不断突破，不仅荣登苹果中国的年度热门节目榜单，还在 CPA 和喜马拉雅等平台都榜上有名。2024 年全新付费节目「不止金钱」现已上线，欢迎收听。同时，新一季「跳进兔子洞」即将上线，敬请期待！ ​ 加入我们 声动活泼正在招聘全职「节目监制」、「节目营销」、「商业化项目管理」，查看详细讯息请 点击链接。如果你已准备好简历，欢迎发送至 [email protected]， 标题请用：姓名+岗位名称。 关于声动活泼 「用声音碰撞世界」，声动活泼致力于为人们提供源源不断的思考养料。 我们还有这些播客：声动早咖啡、声东击西、吃喝玩乐了不起、反潮流俱乐部、泡腾 VC、商业WHY酱、跳进兔子洞 欢迎在即刻、微博等社交媒体上与我们互动，搜索 声动活泼 即可找到我们。 期待你给我们写邮件，邮箱地址是：[email protected] ​ 欢迎扫码添加声小音，在节目之外和我们保持联系。Special Guests: 张璐, 徐魁, and 雅娴.